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（一）   原料與工藝差異
顧名思義，大豆磷脂為提取自大豆，是植物來源；蛋黃磷脂是提取自雞蛋黃，動物來源。
蛋黃磷脂的生產原料為蛋黃粉，提取方法為有機溶劑提純法和超臨界CO2萃取法。原材料成本高，生產工藝復雜，生產成本也較高。
大豆磷脂的生產工藝相對簡單。但是，目前，大多食用、藥用卵磷脂的生產原料均為大豆油副產品大豆腳油。由于材料來源廣泛，生產工藝簡單，價格低廉。

（二）   脂肪酸構成差異
表1. 蛋黃卵磷脂與大豆卵磷脂的脂肪酸組成

脂肪酸	蛋黃卵磷脂	大豆卵磷脂
內豆蔻酸（ C14:0 ）	0.38	0.90
棕櫚酸（ C16:0 ）	26.27	15.35
棕櫚油酸（ C16:1 ）	2.80	0.11
十七碳酸（ C17:0 ）	0.32	-
十七碳酸 - 烯酸（ C14:1 ）	0.36	-
硬脂酸（ C18:0 ）	9.17	-
油酸（ C18:1 ）	41.50	17.86
亞油酸（ C18:2 ）	16.24	54.84
亞麻酸（ C18:3 ）	0.30	6.31
花生四烯酸（ C20:4 ）	1.73	-
二十二碳四烯酸（ C20:6 ）	0.53	-
二十二碳六烯酸（ C22:6 ）	0.51	-
其他	2.89	0.86

另外，蛋黃磷脂和大豆磷脂配位的脂肪酸不同：在蛋黃磷脂中R1幾乎是飽和脂肪酸，R2通常是不飽和脂肪酸，而大豆卵磷脂R1和R2是飽和酸和不飽和酸混合配位。蛋黃磷脂的脂肪酸組分大多為棕櫚酸、油酸，其次為硬脂酸、亞油酸，并且還含有微量花生四烯酸和二十二碳六烯酸等近年來備受關注的多不飽和脂肪酸及奇數碳脂肪酸（如十七烷酸）等；大豆磷脂中亞油酸約占50%，幾乎不含C20以上的脂肪酸。

（三）   磷脂類型差異
兩者所含磷脂組分有異。與大豆磷脂相比，蛋黃磷脂zui令人矚目的特點是，PC含量較高（可達到70%～80%），基本不含磷脂酰肌醇（PI）和磷脂酸（PA）。下表中給出了蛋黃和大豆中磷脂成分的比較。
蛋黃與大豆中磷脂成分含量的比較(%)

磷脂	蛋黃	大豆
磷脂酰膽堿 (PC)	73	30
磷脂酰乙醇胺 (PE)	15	22
磷脂酰肌醇 (PI)	1	18
磷脂酸 (PA)	-	2
絲氨酸磷脂 (PS)	-	3-4
神經鞘磷脂	2-3	-
縮醛磷脂	1	-

（四）   穩定性差異
由于不飽和度較蛋黃磷脂高，大豆磷脂的碘值偏高，因此更易受空氣、光照、溫度等因素的影響，發生氧化變性。所以，大豆磷脂的穩定性以及作為藥用輔料的使用性能較蛋黃磷脂差。

（五）   批間穩定性差異
大豆磷脂的批間穩定性很難維持，這可能跟原料為大豆腳油有關。腳油是大豆油生產的副產品，因此很難保證質量穩定。而蛋黃粉是母雞蛋割蛋后分離蛋清，將蛋黃脫水的直接產品。