微波是一種電磁波，可產生高頻電磁場。介質材料由性分子和非性分子組成，在電磁場作用下，性分子從原來的隨機分布狀態轉向依照電場的性排列取向，在高頻電磁場作用下造成分子的運動和相互摩擦從而產生能量使得介質溫度不斷提高。因為電磁場的頻率高，性分子振動的頻率很大，所以產生的熱量很高。當微波加熱應用于食品工業時，在高頻電磁場作用下，食品中的性分子（水分子）吸收微波能產生熱量，使食品迅速加熱、干燥。水和一般濕介質在一定的介質分壓作用下，對應一定的飽和溫度，真空度越大，濕物料所含的水或濕介質對應的飽和溫度越低，即沸點溫度低，越易汽化逸出而使物料干燥，真空干燥就是根據這一熱物理特性，在真空條件下將氣相中的低壓水蒸氣及空氣等含量較少的不凝結氣體，借真空泵的抽吸而除去。
    真空干燥時物料的脫水是依靠熱傳導將外來熱量傳遞給被干燥物料的，而在低氣壓環境下，用對流方式進行熱傳遞速度較慢，妨礙了真空干燥優點的發揮。微波干燥是利用介電加熱原理，依靠高頻電磁振蕩來引發分子運動，使被加熱物發熱，加熱方式有別于傳統的對流、傳導與輻射，系微波直接對物體進行加熱，傳熱這一限制因素被打破。微波真空干燥把微波干燥和真空干燥兩項技術結合起來，充分發揮各自優勢，在一定的真空度下水分擴散速率加快，可以在低溫條件下對物料進行干燥，較好地保持了物料的營養成分。微波可為真空干燥提供熱源，克服了真空狀態下常規熱傳導速率慢的缺點，因而大大縮短了干燥時間，提高了生產效率。