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無菌隔離器從根本上避免了操作者與物品的直接接觸，因此在無菌檢驗時可以避免被檢樣品和輔助設施被污染。當隔離器處于封閉狀態時，內部為無菌的環境，僅僅能夠下隔離器內部或者通過一個特殊的快速傳遞倉來傳遞物品。
無菌隔離器就是采用無菌隔離技術而帶來的一個高度沾凈、持續有效的操作空間，它能醉大限度的降低微生物、各種微粒的污染，從而提高無菌檢驗的準確性。使用無菌隔離器有兩個簡單的目的，一是保護樣品避免來自環境的污染，這就包括了來自操作者和檢驗環境的污染。二是保護了操作者免受有毒有害物質的污染。無菌隔離器的應用范圍非常廣，尤其是無菌藥品生產，將無菌隔離器應用到無菌藥品生產中，不但保證了藥品的質量，也降低了成本。
無菌隔離器的工作原理：
將無菌的產品(容器、產品、封閉物)放入一個無菌環境，由于沒有操作人員進入無菌隔離器，也沒有非無菌物品帶入無菌隔離器，這些物品在整個加工過程中始終保持無菌。無菌隔離器屏障是一個絕對屏障，它將無菌產品與操作人員和外界環境相隔離，阻止產品與外界進行交換。無菌隔離器除通過物理密封阻隔外部污染物的進入，還采用內室正壓的方法達到有效密封的目的。
