殼聚糖具有廣泛的作用，但不同濃度的殼聚糖其能力不一樣，如殼聚糖濃度為0.1%時，8d內可以使鐮刀霉菌屬的各種霉菌繁殖*抑制，但該濃度對根霉屬、青霉屬、曲霉屬等霉菌沒有效果。在濃度為0.4%時，對大腸桿菌、普通變形桿菌、枯草桿菌、金黃色葡萄球菌均有較強的抑制作用。另外，脫酰化程度不同的殼聚糖其特性也不一樣，脫酰化程度的抗霉菌力強。其中的一個原因是，殼聚糖與霉菌細胞表層部產生作用，使細胞透過性增大。殼聚糖與海藻糖鈉、己二酸配成的防腐劑作用更明顯，且不影響食品風味。

殼聚糖的作用主要有以下兩種機理：一種是殼聚糖通過吸附在細胞表面，形成一層分子膜，阻止營養物質向細胞內的運輸，從而起到抑菌作用；另一種機理是殼聚糖通過滲透進入細胞體內，吸附細胞體內帶有陰離子的細胞質，并發生絮凝作用，擾亂細胞正常的活動，從而殺滅細菌。因為革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌的細胞壁結構不同，兩種作用對它們影響程度也不同，故不同相對分子質量的殼聚糖，其機理不同

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