飲料生產線的殺菌方法主要有冷殺菌方法兩種：
一、冷殺菌方法
化學殺菌是利用化學試劑使蛋白質凝固的干擾變性，酶的活性，抑制細菌的生長和代謝，或破壞膜結構，破壞其生理功能，實現殺菌。有一種常見的化學殺菌方法，使用過氧化氫、環氧乙烷、次氯酸鈉等化學殺菌。
果汁冷殺菌分為兩大類：物理殺菌和化學殺菌。物理滅菌是利用物理手段，如場效應(包括電場、磁場)、電子、高壓、光照等方法，一般單一作用或兩種以上的共同作用，在低溫或室溫下達到滅菌方法的目的。普通物理殺菌技術的脈沖電場殺菌的超高電壓、微波殺菌、脈沖強光殺菌、高壓靜電滅菌、半導體光催化殺菌、輻照殺菌等。
二、熱滅菌方法
飲料生產線的滅菌方法一般有巴氏殺菌(長時間低溫滅菌法)、在汁熱滅菌法、高溫和超高溫滅菌法。
飲料生產線有良好的殺菌效果方法是熱殺菌方法，但高溫常常會對果汁質量產生不利影響，如顏色，味道，營養損失等。
