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1. 在每次開機之前，首先檢查真空泵中泵油是否足夠。
2. 擰開排水閥門，讓里面殘留的水流出。排干后再擰緊閥門。
3. 檢查凍干腔與冷阱的接觸部分是否完好，必要時清潔及重新調整。
4. 關閉所有的閥（與凍干瓶直接相連的閥，白色旋鈕向上即為關閉）。關閉冷阱與真空泵想連接的閥（在儀器后面，與真空管相連接）。
5. 打開冷阱電源開關，打開真空泵電源開關。
6. 15分鐘后，打開冷阱與真空泵相連接的那個閥門。
7. 1分鐘以后，即可把已經預凍好的樣品（已經在凍干瓶中）掛在支架上，打開相對應的閥門后即可進行凍干過程。
8. 凍干結束后，關閉相對應的閥（白色旋鈕向上），取下凍干瓶。
9. 待所有凍干瓶取下后，依次關閉真空泵電源和冷阱電源。
10. 待冷阱中的霜融化后，打開排水閥門進行排水，然后關閉。

注意事項
1. 樣品在凍干之前首先要進行預凍，樣品必須在固態（結冰狀態）下才能凍干，預凍時間越長凍干效果越好。樣品的體積最好不要超過樣品瓶體積的1/3。
2. 在凍干時如果出現樣品融化現象，并且真空泵及冷阱工作狀態良好的情況下，其原因是真空度不夠，有漏氣的地方。請檢查所有的閥門是否關閉，凍干腔與冷阱表面接觸的地方是否密封，必要時清潔冷阱表面及凍干腔的密封圈。
3. 定期清潔冷阱腔及凍干腔。
4. 在開機后15分鐘后才可以凍干，目的是先讓冷阱預冷，讓真空泵預熱。這樣才能使儀器在一個較好的工作狀態工作。
5. 凍干結束關閉閥門后，凍干瓶內部與外界相通，待氣壓平衡后即可取下瓶子。
6. 定期清潔壓縮瓶內部的灰塵，真空泵中油少時要進行加油。