很多人在選擇和使用生物安全柜時，總是會直接用經驗判斷如何操作，但其實這樣會忽略非直接關聯的問題，不僅影響實驗質量，甚者還會造成安全隱患。以下就是比較常見的幾大誤區：
誤區一：潔凈工作臺代替生物安全柜
很多操作人員認為這兩種設備外形相同，作用大同小異，并認為他們操作的樣本都是普通的樣本，不具有高致病性。其實，生物安全柜和潔凈工作臺具有本質的差別。
潔凈工作臺將通過過濾器的凈化空氣向下吹過工作區，用來保護樣品，由于工作區是正壓區，氣流通過操作窗口外溢，只保護樣品，而對操作人員和環境不提供保護，如操作含有任何已知或潛在致病氣溶膠，都會給操作人員帶來極大隱患。
誤區二：生物安全柜安裝問題
現有實驗室購置安全柜，一般在房間騰出一小塊空地安放，這樣會存在問題很多，安裝位置不當，會造成污染。
生物安全柜兩側、后側應留30 cm，頂部留出足夠 30～34 cm的空間；為減少氣流擾動，保證安全柜正常工作，生物安全柜應放置在遠離實驗室入口、門窗、暖氣、走道，避開送風口，避免外界氣流對柜內氣流造成擾動，如果沒有足夠的補充送風，生物安全柜所在房間成為高負壓狀態，生物安全柜無法正常工作。
很多實驗室購置Ⅱ級A2生物安全柜后，認為排風管道接到室外比排到室內安全。其實，生物安全柜排風出口帶有過濾器，所排出的氣體被證明是安全的，對室內環境沒有影響；另外，將室內舒適工作環境的潔凈空氣排到室外會大大增加運行成本。
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