脈動真空滅菌器是目前一種常用的滅菌器，其操作步驟步驟如下：
1.脈動真空滅菌器必須放置在結實的水平面上。
2. 在外層鍋內加適量的水，將需要滅菌的物品放入內層鍋，蓋好鍋蓋并對稱地扭緊螺旋。
3. 加熱使鍋內產生蒸氣，當壓力表指針達到 33.78kPa時，打開排氣閥，將冷空氣排出，此時壓力表指針下降，當指針下降至零時，即將排氣閥關好。
4. 繼續加熱，鍋內蒸氣增加，壓力表指針又上升，當鍋內壓力增加到所需壓力時，將火力減小，按所滅菌物品的特點，使蒸氣壓力維持所需壓力一定時間，然后將滅菌器斷電或斷火，讓其自然冷后再慢慢打開排氣閥以排除余氣，然后才能開蓋取物。
在脈動真空滅菌器使用時，要注意以下幾點：
1. 待滅菌的物品放置不宜過緊；
2. 必須將冷空氣充分排除，否則鍋內溫度達不到規定溫度，影響滅菌效果；
3. 滅菌完畢后，不可放氣減壓，否則瓶內液體會劇烈沸騰，沖掉瓶塞而外溢甚至導致容器爆裂。須待滅菌器內壓力降至與大氣壓相等后才可開蓋；
4. 滅菌液體時，應將液體灌裝在耐熱玻璃瓶中，以不超過3/4體積為好，瓶口選用棉花紗賽。切勿使用打孔的橡膠或軟木塞；在滅菌結束后，不準立即釋放蒸汽，必須待壓力表指針回零后方可排放余氣。
5. 對不同類型、不同滅菌要求的物品，如敷料和液體等，切勿放在一起滅菌，以免造成損失。
6. 現在已有微電腦自動控制的高壓蒸氣滅菌鍋，只需放去冷氣后，儀器即可自動恒壓定時，時間一到則自動切斷電源并鳴笛，使用起來很方便。
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