在常規的微生物學實驗中，無論是對食品進行衛生細菌學方面的檢測，還是對藥品微生物進行限度檢查，或是對于活性物質的抑菌性能進行實驗研究，均常常需要定量或者濃度計算樣品中的微生物。對于在培養后的皮氏培養皿上所生長的菌落進行菌落總數統計的定量方法是Z常用的對大多數微生物進行檢測的定量方法。

       缺點一：識別和記數容易錯漏

       所有的計數均是以對壓力脈沖產生次數的記錄為依據，不同的人進行操作產生的壓力也各異，那么漏記的產生就在所難免，并且操作人員對菌落的識別經驗不同，計數的結果也會因此而不一樣，系統偏差較大。

       缺點二：不方便標記和修正

       肉眼計數和菌落計數器計數都是以筆在被統計的菌落上留下墨水筆跡來進行標記為計數依據，所以，如果存在密集菌落的情況，那么就不方便標記，并且若發現統計錯誤，也不容易修正。

       缺點三、效率非常低下

       肉眼計數和菌落計數器計數，每一個菌落均需要肉眼進行人工識別，如果有很多的樣品，那么就會需要浪費很多的時間，就會對研究和結果報告造成影響。

       缺點四、不能保存原始的結果

       在統計完成后，會留下一個統計數字，然而平板表面菌落生長狀況卻不能夠得到保存。