微波木材烘干設備在干燥的過程中受木材本身的影響因素也很大，這些因素主要體現在以下幾個方面：
　　1、樹種因素 對于硬質闊葉材和難干材，可采用所有各種干燥方法。只要配以良好的控制系統，控制質量較好，干燥結果相差不大。在通常情況下，應選蒸汽干燥或高溫水加熱干燥，以保證質量且降低投資和成本；干燥硬闊葉樹厚板或方材時，用一般干燥法很難保證質量，且周期很長，用木材微波烘干設備真空干燥法合適。此外，除濕干燥法的干燥基準較軟，是干燥難干材的好方法。
　　2、規格 對于被干木材的規格而言，主要考慮的是厚度因素。厚度大的木材較難干燥。干燥快了，干燥質量不符合要求。保證了干燥質量，保證不了干燥速度，這是人們經常遇到的難題。木材微波烘干設備適合于透氣性好的硬闊葉材厚板或易皺縮的木材，可考慮真空干燥。而對于在常規干燥中降等、報廢率大的難干材，亦可考慮微波或高頻干燥。
　　3、含水率狀態  用低溫干燥法干燥初含水率很高的木材，經濟效果。特別是除濕干燥法，在木材含水率較高的情況下，木材微波烘干設備的熱效率較高。如果采用其它干燥方法，熱效率就較低。特別是在干燥的開始階段，需要排除的水分量很大，故得消耗大量熱能。