微波花粉滅菌設備是利用了電磁場的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能絮亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA），是由若干氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體嘁畸變，甚至斷裂。
微波花粉滅菌設備使用準備工作：
檢查設備是否有“已清潔”卡，清場合格證，并在有效期內。檢查電氣開關、電線、接地是否良好。
檢查設備狀態是否完好,防護裝置是否正常的。
檢查水、電是否配接完好，所有的門，覆板是否關好。將控制臺所有開關置于“關”的位置。
微波花粉滅菌設備采用微波殺菌的優點：
殺菌*：微波的穿透性使表面與內部同時受熱，并且熱效應和非熱效應共同作用，殺菌效果好。
時間短且速度快：微波利用其選擇透射作用，使食品內外均勻，迅速升溫殺滅細菌。處理時間大大縮短。在強功率密度強度下甚至只要幾秒或數十秒即達滿意效果。
低溫殺菌可保證食品質量：微波殺菌比常規熱力殺菌在較低溫度、較短的時間內就能獲得較好的滅蟲殺菌效果，而且無外來物污染，能夠保留更多的有效成分，保持原有的色、香、味等。
效率高，節約能源，操控方便：微波可直接使食品內部介質分子產生熱效應，微波能可被屏蔽，而且裝置本身不被加熱，不需傳熱介質，因此，能量損失少，效率比其他方法高。
