微波萃取機在進行萃取時常受到的影響因素： 萃取溶劑一通常是以“相似相溶”方式進行選擇。
萃取溫度一不高于溶劑沸點。
萃取時間一累計輻射時間對提高萃取效率只是在剛開始是有利，經過一段時間后萃取效率不再增加，因此每次輻射時間不宜過長。
溶液的PH-溶液的pH值也會對微波萃取的效率產生一定的影響，針對不同的萃取樣品，溶液有一個最佳的用于萃取的酸堿度。
微波萃取機高效性主要來源于哪些方面：
1．微波與被分離物質的直接作用。由于微波具有穿透能力，因而可以直接與樣品中有關物質分子或分子中的某個基團作用，被微波作用的分子或基團，很快與整個樣品基體或其大分子上的周圍環境分離開，從而使分離速度加快并提高萃取率。這種微波與被分離物質的特殊作用，可以稱為微波的激活作用。
2．應用密閉容器，使微波萃取可在比溶劑沸點高得多得溫度下進行，從而顯著地提高微波萃取的速率。由于在高的溫度和壓力下化學反應速率比在常溫和低壓下高得多，因此，密閉容器帶來的高溫非常明顯地提高了微波萃取的萃取率并減少了制樣所需的時間。
3．微波萃取使用極性溶劑比用非極性溶劑更有利，因為極性溶劑吸收微波能，從而提高溶劑的活性，使溶劑和樣品間的相互作用更有效。研究表明萃取溶劑的電導率和介電常數大時，在微波萃取中顯著提高萃取率。不過，近來的研究表明，采用吸收微波的材料做成攪拌子可克服此缺陷。
